A 90-es évek elején bekövetkezett társadalmi és gazdasági szerkezetváltás erőteljes változást indított el az oktatás területén is.
Az 1991/92-es tanévtől kísérleti jelleggel beindult a növénytermesztő gépész és a mezőgazdasági gépszerelő szakma összevonásából két gépszerelő és gépüzemeltető szakmunkás osztály 80 fővel, valamint a gépjavító és karbantartó szakközépiskolai osztály 31 tanulóval.
A szerkezeti átalakulások során merült fel az a gondolat, hogy a Mezőgazdasági Szakmunkásképző Iskola megváltoztassa a nevét, és egy olyan személyiség nevét viselje, aki példaképe lehet minden gazdálkodással, tudománnyal foglalkozó intézménynek. A tantestület Széchenyi István neve mellett voksolt, ezt a névfelvételt a városi önkormányzat 1991. szeptember 5-én jóváhagyta, így az iskola új neve Széchenyi István Mezőgazdasági Szakközépiskola és Szakmunkásképző Intézet lett. A névfelvételi ünnepségre 1991. október 15-én került sor, amelynek keretében az öt hajdúböszörményi termelőszövetkezet zászlót ajándékozott az iskolának.

A profilbővítés érdekében az iskola 1992-ben a hajdúböszörményi Városgazdálkodási Vállalattól 5 évre bérletbe vette a kertészetét, a Hajdúnánási Állami Gazdaságtól gyakorlógazdaság céljára átvett 160 hektár szántót és 50 hektár legelőt.
1993 szeptemberétől megkezdődött az általános kertész és az általános állattenyésztő szakmunkás-, illetve az 1805. számú vadász-vadtenyésztő szakközépiskolai képzés.
A kilencvenes években kialakult az iskolai új képzési arculata: mezőgazdasági gépjavító és karbantartó, illetve vadász-vadtenyésztő szakközépiskolai és mezőgazdasági gépszerelő és üzemeltető, általános kertész, általános állattenyésztő szakmunkás beiskolázású lett az intézmény.

A tanulólétszám növekedésével a kollégiumi férőhelyek számát is növelni kellett, a Béke Agrárszövetkezet területén lévő kollégiumban béreltek szobákat a diákoknak.
1996-ban a szakmunkás tanulók továbbtanulását segítő 2 éves nappali képzési forma indult szakmunkások szakközépiskolája néven, ami nagy népszerűségnek örvendett. Szükségessé vált az iskola bővítése. 1997-ben adták át az 5 tantermet és 4 csoportfoglalkoztatót magában foglaló új iskolaszárnyat.
1997-ben indult a parkgondozó kerti munkás speciális szakiskolai képzés, illetve 1998-ban a technikusképzés (vadász, környezetvédelmi).

1996-ban az iskola rendezte meg a Földművelésügyi Minisztérium felkérésére a mezőgazdasági gépészképzés három szakmájának az Országos Szakma Kiváló Tanulója versenyét. 1997-ben pedig az általános állattenyésztő SZKT versenyét bonyolították le az intézményben.

1998. szeptember 1-jét követően az iskolaszerkezet változásából adódóan a korábbi 3 éves szakmunkásképzés 2+2 évesre, a 4 éves szakközépiskolai képzés a 4+2 éves technikusképzésre változott.
1999 szeptemberében a képviselőtestület engedélyezte a vadgazdálkodási technikusképzést, amely 16 tanulóval kezdődött el.